―――果てなき混沌の穴の底で、機械少女は愛を育む 全てがセルで形成された大穴、ホド いつ、なぜ始まったかさえ定かではない争いの渦は 人間が消えてもなお継続していた――― 上層のスパイであるエイジャは 中層の調査中に炭素生物（人間）の生体を発見する。 何万も昔に潰えた種のデータを採取するため エイジャと炭素生物のいびつな生活が始まる。